ベティス対アトレティコ

English Japanese 研究内容 メンバー 研究実績 SNS Facebook Instagram Blog アクセス 情報生物学研究室 モデル生物C. elegansを用いた生命システムの解明 --> 研究内容 ヒトゲノムをはじめ様々なゲノム配列の解読が終了したことから、生物学の中心的パラダイムは、「生物情報はDNAからRNAへ、そしてタンパク質となり、如いては細胞そして個体を形成する」とされつつあります。しかしながら、細胞が成り立つには、タンパク質のほかに「脂質」と「糖質」という2種類の分子が不可欠です。そして、その脂質と糖質は、生体エネルギーの前駆体をはじめ、シグナル伝達分子や、代謝、生体構造の構築、生物の多様性などに深く関与しています。そのため個体を理解するためには、図1のように、中心的パラダイムを脂質や糖質、複合糖質（糖脂質，糖タンパク質など）を含めた形に拡張し、統合的に理解する必要があります。 　本研究室では、「生命活動プログラムを再構築（再現）すること」を最終目標に掲げ、現在、「生物発生システムの理解」と「糖脂質の合成経路と機能の理解」、「脂質メディエーターの同定と生理機能の理解」、「代謝反応ネットワークの頑強性の理解」の４つのテーマを中心に研究を進めています。 メンバー 教授 伊藤 將弘 maito●sk.ritsumei.ac.jp（●は@に変えてください） 講義科目（2024年度） 【学部】プログラム言語(1,2)，バイオアルゴリズムなど 助教 久保田 幸彦 yukubota●fc.ritsumei.ac.jp （●は@に変えてください） 講義科目（2024年度） 【学部】生化学，分子生物学実習など D1 高塚 悠 研究テーマ 線虫C. elegans PAF1複合体は生殖細胞特異的発現により卵形成を制御する D1 I. Arini Dinana 研究テーマ Tracing the Evolution of the ABC Transporter Protein Family Through its Intrinsically Disordered Linker Region M2 櫻谷 卓也 研究テーマ 発症時期のことなる遺伝性稀少疾患が持つ原因遺伝子の比較解析 M2 後藤 寛幸 研究テーマ 細胞外マトリックス関連疾患に寄与する翻訳後修飾タイプの解明 M2 K. Law 研究テーマ Effects of Sulfur Dioxide on C. elegans Development and Mitochondrial Division M1 大⻄ 真生 研究テーマ RNAiスクリーニングとRNA-seqによるヒトAβ細胞毒性緩和メカニズムの解明 M1 小原 光貴 研究テーマ 線虫におけるHDA-1/SIN-3複合体は胚発生期における APL-1の発現量を抑制することで胚発生を制御する M1 F. Li 研究テーマ Image Analysis of C. elegans Embryonic Epidermal Morphogenesis 卒研生 有馬 緑 研究テーマ 虫C. elegansのヒストン脱アセチル化酵素HDA-2依存的な受精卵サイズおよび細胞死の除去調節メカニズムの解明 卒研生 前田 一石 研究テーマ 線虫C. elegansにおけるヒストン脱アセチル化酵素HDA-2のターゲット候補遺伝子citk-1の構造と表現型解析 卒研生 若泉 康喜 研究テーマ ヒトClass I HDACの系統プロファイル解析 卒研生 Y. Lu 研究テーマ アルツハイマー病関連タンパク質の系統プロファイル解析及び機能解析 卒研生 Y. Wang 研究テーマ 子宮頸がんにおけるピロトーシス関連遺伝子に基づく分子サブタイプおよび予後署名の予測 卒研生 Y. Ye 研究テーマ 線虫C. elegansの加齢における細胞外マトリクス18型コラーゲンがもつ役割の解明 卒研生 荒谷 仁大 研究テーマ To Be Determined 卒研生 鈴木 章久 研究テーマ To Be Determined 卒研生 谷 颯馬 研究テーマ To Be Determined 卒研生 本庄 しずく 研究テーマ To Be Determined 卒研生 松井 涼平 研究テーマ To Be Determined 卒研生 三村 知輝 研究テーマ To Be Determined 卒研生 和田 佳那子 研究テーマ To Be Determined 卒研生 P. Li 研究テーマ To Be Determined 秘書 岩本 縁 研究実績 主な論文 ・Kojima H, Shinohara R, Itonori S, Ito M. Characterization of a Novel Rhamnose-containing Acidic Glycosphingolipid from the Ascidian Halocynthia aurantium. J Oleo Sci. 2017 Mar 1;66(3):285-295. doi: 10.5650/jos.ess16150. Epub 2017 Feb 10. ・Tomono T, Kojima H, Fukuchi S, Tohsato Y, Ito M. Investigation of glycan evolution based on a comprehensive analysis of glycosyltransferases using phylogenetic profiling. Biophys Physicobiol. 2015 Nov 12;12:57-68. doi: 10.2142/biophysico.12.0_57. eCollection 2015. ・Tohsato Y, Ikuta K, Shionoya A, Mazaki Y, Ito M. Parameter optimization and sensitivity analysis for large kinetic models using a real-coded genetic algorithm. Gene. 2013 Apr 10;518(1):84-90. doi: 10.1016/j.gene.2012.11.080. Epub 2012 Dec 27. ・Fahmi M, Ito M. Evolutionary Approach of Intrinsically Disordered CIP/KIP Proteins. Sci Rep. 2019 Feb 7;9(1):1575. doi: 10.1038/s41598-018-37917-5. ・Kubota Y, Nishiwaki K, Ito M, Sugimoto A. The Role of Tissue Inhibitors of Metalloproteinases in Organ Development and Regulation of ADAMTS Family Metalloproteinases in Caenorhabditis elegans. Genetics. 2019 Jun;212(2):523-535. doi: 10.1534/genetics.119.301795. Epub 2019 Apr 16. ・Nomoto Y, Kubota Y, Ohnishi Y Kasahara K, Tomita A, Oshime T, Yamashita H, Fahmi M, Ito M. Gene Cascade Finder: A tool for identification of gene cascades and its application in Caenorhabditis elegans. PLoS One. 2019 Sep 10;14(9):e0215187. doi: 10.1371/journal.pone.0215187. eCollection 2019. ・Fahmi M, Yasui G, Seki K, Katayama S, Kaneko-Kawano T, Inazu T, Kubota Y, Ito M. In Silico Study of Rett Syndrome Treatment-Related Genes, MECP2, CDKL5, and FOXG1, by Evolutionary Classification and Disordered Region Assessment. Int J Mol Sci. 2019 Nov 8;20(22). pii: E5593. doi: 10.3390/ijms20225593. ・Nakamura T, Fahmi M, Tanaka J, Seki K, Kubota Y, Ito M. Genome-Wide Analysis of Whole Human Glycoside Hydrolases by Data-Driven Analysis in Silico. Int J Mol Sci. 2019 Dec 13;20(24). pii: E6290. doi: 10.3390/ijms20246290. ・Fahmi M, Kubota Y, Ito M. Nonstructural proteins NS7b and NS8 are likely to be phylogenetically associated with evolution of 2019-nCoV. Infection, Genetics and Evolution. Short communicationAvailable online 3 March 2020. ・Fahmi M, Kitagawa H, Yasui G, Kubota Y, Ito M. The functional classification of ORF8 in SARS-CoV-2 replication, immune evasion, and viral pathogenesis inferred through phylogenetic profiling. Evolutionary Biology. online 19 February 2021. ・Kubota Y, Ohnishi Y, Hamasaki T, Yasui G, Ota N, Kitagawa H, Esaki A, Fahmi M, Ito M. Overlapping and Non-Overlapping Roles of the Class-I Histone Deacetylase-1 Corepressors LET-418, SIN-3, and SPR-1 in Caenorhabditis elegans Embryonic Development. Genes and Genomics. online 2021. ・Yasui G, Kubota Y, Takatsuka H, Ito M, Inazu T. Zinc finger protein 483 (ZNF483) regulates neuronal differentiation and methyl-CpG-binding protein 2 (MeCP2) intracellular localization. Biochem Biophys Res Commun. online 2021. ・Unno T, Takatsuka H, Ohnishi Y, Ito M, Kubota Y. A class I histone deacetylase HDA-2 is essential for embryonic development and size regulation of fertilized eggs in Caenorhabditis elegans. Genes and Genomics. doi: 10.1007/s13258-021-01195-9. onlin 29 November 2021. ・Takatsuka H, Fahmi M, Hamanishi K, Sakuratani T, Kubota Y. ITO M. In silico analysis of SARS-CoV-2 ORF8-binding proteins reveals the involvement of ORF8 in acquired-immune and innate-immune systems.Frontiers in Medicine. onlin 2021. 今年度の獲得研究費 私大戦略的研究基盤形成支援事業　2021年度採用 稀少疾患・難治疾患の原因究明と治療法の開発に向けた基盤研究：分担 学会や研究会の受賞 線虫研究会旅費支給対象者選定　2018年度線虫研究の未来を創る会 travel follow ship 野元　優介 大西　優斗 2019年度稀少疾患カンファレンス ポスター賞 関　海斗　 第1回淡海異分野融合研究会 優秀賞 海野　琢真 学会参加 第6回リン化合物討論会（第33回C-P化合物研究会会）(12/20) [ポスター発表]・リン酸化以外の翻訳後修飾である糖鎖修飾の進化解析 　　Takahiro Nakamura, Jun Tanaka, Masahiro Ito [ポスター発表]・初期胚発生におけるセリンスレオニンキナーゼを制御する遺伝子カスケード 　　Yusuke Nomoto, Yuto Ohnishi, Masahiro Ito [ポスター発表]・C. elegansの初期胚におけるHDAC複合体の転写共役因子依存的な転写調節 　　Yuto Ohnishi, Yusuke Nomoto, Masahiro Ito, Yukihiko Kubota 第41回日本分子生物学会(11/28-30) [ポスター発表]・Evolutionary Dynamics of Intrinsically Disordered CIP/KIP Family Proteins 　　Muhamad Fahmi, Masahiro Ito [ポスター発表]・全ヒト糖加水分解酵素の系統プロファイル解析による進化的分類 　　Takahiro Nakamura, Jun Tanaka, Masahiro Ito [ポスター発表]・線虫C. elegans初期胚における極性メディエーターmex-3を頂点とした遺伝子カスケード解析 　　Yusuke Nomoto, Yuto Ohnishi, Masahiro Ito [ポスター発表]・C. elegansの初期胚におけるHDAC複合体の転写共役因子依存的な転写調節 　　Yuto Ohnishi, Yusuke Nomoto, Masahiro Ito, Yukihiko Kubota [ポスター発表]・指定難病原因タンパク質におけるミスセンス変異の解析 　　Kaito Seki, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・線虫 Caenorhabditis. elegans卵形成過程におけるPAF-1複合体の機能解析 　　Natumi Ohta, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・系統プロファイル解析によるRett症候群原因タンパク質CDKL5の機能解明 　　Gen Yasui, Takahiro Nakamura, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito 線虫の未来を創る会(9/14-15) [ポスター発表]・Evolutionary classification of human glycoside hydrolase by phylogenetic profiling 　　Takahiro Nakamura, Jun Tanaka, Hisao Kojima, Masahiro Ito [口頭発表]・Gene cascade prediction using RNA-Seq data and the WormBase database 　　Yusuke Nomoto, Yuto Ohnishi, Masahiro Ito [口頭発表]・Comparative RNA-Seq analysis of HDAC complex scaffold protein during early embryogenesis in Caenorhabditis elegans 　　Yuto Ohnishi, Yusuke Nomoto, Masahiro Ito [ポスター発表]・線虫C. elegansは、ヒト稀少・難病の原因となる点突然変異は類似しているのか？ 　　Kaito Seki, Masahiro Ito [ポスター発表]・Evolution and Comparative Genomics 　　Muhamad Fahmi, Masahiro Ito 2018 International Society for Computational Biology(Chicago, USA 2018/07/6-10) [ポスター発表]・Evolutionary classification of human glycoside hydrolase by phylogenetic profiling 　　Takahiro Nakamura, Jun Tanaka, Hisao Kojima, Masahiro Ito [ポスター発表]・Gene cascade prediction using RNA-Seq data and the WormBase database 　　Yusuke Nomoto, Yuto Ohnishi, Masahiro Ito [ポスター発表]・Comparative RNA-Seq analysis of HDAC complex scaffold protein during early embryogenesis in Caenorhabditis elegans 　　Yuto Ohnishi, Yusuke Nomoto, Masahiro Ito [ポスター発表]・Distribution analysis of missense mutations and adjacent amino acids in intractable diseases 　　Kaito Seki, Masahiro Ito [ポスター発表]・Evolution and Comparative Genomics 　　Muhamad Fahmi, Masahiro Ito 22nd International C.elegans Conference (Los Angeles 2019/6/20-24) [ポスター発表]・Analysis of the PAF1 complex during Caenorhabditis elegans oogenesis 　　Natsumi Ota,Masahiro Ito, Yukihiko Kubota 第13回　国際ゲノム会議(13AGW)(東京 2019/06/25-27) [ポスター発表]・The evolutionary dynamics of intrinsically disordered CIP/KIP family proteins in vertebrates 　　Muhamad Fahmi, Masahiro Ito [ポスター発表]・Evolutionary analysis of CDKL5 related protein by phylogenetic profiling 　　Gen Yasui, Takahiro Nakamura, Muhamad Fahmi, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito 2019 International Society for Computational Biology(Basel, Switzerland 2019/07/21-25) [ポスター発表]・Assessment of the evolution of RETT syndrome-related proteins disordered regions and the implications of their point mutations 　　Muhamad Fahmi, Gen Yasui, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・Phylogenetic profiling analysis of Rett syndrome-related proteins 　　Gen Yasui, Takahiro Nakamura, Muhamad Fahmi, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito 線虫の未来を創る会(愛知，名古屋大学　8/21-22) [ポスター発表]・稀少疾患原因遺伝子における変異解析 　　Kaito Seki, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・Analysis of the PAF1 complex during Caenorhabditis elegans oogenesis 　　Natsumi Ota,Masahiro Ito, Yukihiko Kubota [ポスター発表]・Evolutionary and functional assessment of Rett syndrome-related proteins 　　Gen Yasui, Takahiro Nakamura, Muhamad Fahmi, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito 稀少疾患カンファレンス、国際稀少疾患シンポジウム2019(立命館大学BKC 2019/08/30) [ポスター発表]・稀少疾患原因タンパク質に対するミスセンス変異解析 　　Kaito Seki, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・線虫Caenorhabditis elegansを用いたPAF1複合体の機能解析 　　Natsumi Ota,Masahiro Ito, Yukihiko Kubota [ポスター発表]・データサイエンスによるRett症候群関連タンパク質の体系的解析 　　Gen Yasui, Takahiro Nakamura, Muhamad Fahmi, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito 第42回日本分子生物学会(福岡 2019/12/3-6) [ポスター発表]・Rett Syndrome-causing proteins and their pathogenic missense point mutations: structural order disorder, post-translational modifications, and evolutionary rates 　　Muhamad Fahmi, Gen Yasui, Kaito Seki, Syouichi Katayama, Takako Kaneko-Kawano, Tetsuya Inazu, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・稀少疾患原因タンパク質の天然変性領域におけるミスセンス変異 　　Kaito Seki, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・線虫 Caenorhabditis elegans卵形成過程におけるPAF1複合体の機能解析 　　Natsumi Ota,Masahiro Ito, Yukihiko Kubota [ポスター発表]・データサイエンスによるRett症候群関連タンパク質の体系的解析 　　Gen Yasui, Takahiro Nakamura, Muhamad Fahmi, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・系統プロファイル解析による稀少疾患に関わる原因遺伝子の進化解析 　　Hiromu Kitagawa, Gen Yasui, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・ヒト代謝における複合脂質関連タンパク質の進化と天然変性領域解析 　　Erika Seki, Chiharu Iwanami, Gen Yasui, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・線虫Caenorhabditis elegans HDAC複合体に含まれる転写共役因子の胚発生時における転写制御解析 　　Tasuku Hamasaki, Yuto Ohnishi, Masahiro Ito, Yukihiko Kubota, Masahiro Ito 2020年日本バイオインフォマティクス学会年会・第9回生命医薬情報学連合大会 [ポスター発表]・新型コロナウイルスSARS-CoV-2におけるミステリー遺伝子産物ORF8相互作用タンパク質の系統プロファイル解析 Hiromu Kitagawa,Yukihiko Kubota, Masahiro Ito 日本動物学会第91回大会2020 [ポスター発表]・Analysis of the PAF1 complex during Caenorhabditis elegans oogenesis Natsumi Ota,Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・classⅠヒストン脱アセチル化酵素複合体による線虫C.elegans成長巣伸長制御機構の解明 Arashi Esaki,Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・線虫のHDAC-1複合体における3つの転写共役因子による胚発生制御メカニズムの解明 Tasuku Hamasaki,Yukihiko Kubota, Masahiro Ito 第43回日本分子生物学会年会 [ポスター発表]・Analysis of the PAF1 complex during Caenorhabditis elegans oogenesis Natsumi Ota,Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・Role of class I histon deacetylase complexes during gonadal development in Caenorhabditis elegans Arashi Esaki,Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・Analysis of the Class I histone deacetylase HDAC-1 corepressos during embryogensis in C.elegans Tasuku Hamasaki,Yukihiko Kubota, Masahiro Ito [ポスター発表]・Phylogenetic profiling illuminatas the functional classification of ORF8 in SARS-CoV-2 Muhamad Fahmi,Hiromu Kitagawa,Gen Yusi,Yukihiko Kubota, Masahiro Ito アクセス 立命館大学びわこ・くさつキャンパス内バイオリンク4階のB402室が個人研究室です（下記リンク先40の建物）。 研究室は4階のエレベータの正面です。 電話番号：077-561-5301 内線：4402（個人研究室），4415（研究室） 立命館大学学内マップ Copyrights are always important.